Aus BioSalzburg

Prüfung vom 30.4.2009

Sie haben aus einem Labor einen Teil einer menschlichen mRNA Sequenz bekommen. Es entstammt einem Individuum, das an einer schweren Krankheit leidet. Das zur mRNA gehörige Gen steht im Verdacht, damit in Verbindung zu sein. Das Sequenzstück lautet: CTGACCCCATTGACTAGTCATTGAAGTATAAAACTCCTGATTTTGAGTCTACGGGTTTAT ACAGTGCAATGCCTCGAGACATCCTGATAGT

1. Wie lautet die RefSeq ID der dazupassenden mRNA? (Falls es mehrere Transkriptvarianten gibt, wählen Sie transcript variant 1 und arbeiten damit weiter.) Heben Sie das Alignment für später auf! [2 Punkte]
2. Wie heißt das Gen? [0.5 Punkte]
3. Wie lautet die SWISS-PROT ID des dazupassenden Proteins? [1 Punkt]
4. Gibt es im Zebrafisch (Danio rerio) orthologe Sequenzen zum humanen Protein? Wenn ja, nennen Sie die RefSeq IDs des (der) Protein(e). [1 Punkt]
5. Wieviele Exons hat das humane Gen? [0.5 Punkte]
6. Ab welcher Base beginnt die CDS, bei welcher Base endet diese auf der mRNA? [1 Punkt]
7. Wie lange ist die 3'-UTR? [0.5 Punkte]
8. Auf welchem Chromosom liegt das Gen? Geben Sie dabei nur eine Zahl, X oder Y an. [0.5 Punkte]
9. Mit welcher Krankheit wird das Gen in Verbindung gebracht? Nennen Sie einige Symptome der Erbkrankheit. [1 Punkt]
10. Enthält die gegebene Sequenz Auffälligkeiten im Vergleich zur Sequenz aus der Datenbank? Wenn ja, welche? Wo liegen die Unterschiede in Bezug auf die mRNA (CDS, UTR)? Hätte die Mutation eine Auswirkung auf das Protein? [3 Punkte].
11. Ein paar Tage später bekommen Sie ein weiteres Sequenzstück der oben beschriebenen mRNA: ATCCTGATAGTTGTGGGCAATGAGATTATCGAGGCTCCCATGGCATGGCGTTCACGCTTCTTTGAGTACCGAGCGTACAGGTCAATTATCAAAGACTACTT - Überlappen sich die beiden Sequenzstücke? Wenn ja, aus wievielen Basenpaaren besteht dieser Bereich? [2 Punkte]
12. Von wem wurde folgende Publikation mit dem Titel "Creatine depletion in a new case with AGAT deficiency: clinical and genetic study in a large pedigree." geschrieben? (Geben sie alle Autoren, Jahreszahl und Journal an) [1 Punkt].

Prüfung vom 10.11.2009

Sie haben aus einem Labor einen Teil einer menschlichen mRNA Sequenz bekommen. Es entstammt einem Individuum, das an einer schweren Krankheit leidet. Das zur mRNA gehörige Gen steht im Verdacht, damit in Verbindung zu sein. Das Sequenzstück lautet:

GCCTCACGGTCCTGCTGATATGTGACACCCCCGGAGGCCCAGCTGTAAATTCCTCTCTTTGTACTCT TTCTCTTTATTTCTCAGACCAGCCGACACTTAGGGAAAATAGAACCTACGCTGAAATTTTGGGGGCAGGT TCTCTTGCTAGGTTTTGAGGTTTTGCTGAAGATATTCCTGAAGAATCATCCCAGGTGCCACACTAAAAAA

  1. Wie lautet die RefSeq ID der dazupassenden mRNA? (Falls es mehrere Transkriptvarianten gibt
wählen Sie transcript variant 1 und arbeiten damit weiter.) Heben Sie das Alignment für später auf! [2 Punkte]
  2. Wie heißt das Gen? [0.5 Punkte]
  3. Wie lautet die SWISS-PROT ID des dazupassenden Proteins? [1 Punkt]
  4. Gibt es in der Maus (Mus musculus) orthologe Sequenzen zum humanen Protein? Wenn ja, nennen Sie die RefSeq IDs
des (der) Protein(e). [1 Punkt]
  5. Wieviele Exons hat das humane Gen? [0.5 Punkte]
  6. Ab welcher Base beginnt die CDS, bei welcher Base endet diese auf der mRNA? [1 Punkt]
  7. Wie lange ist die 3'-UTR? [0.5 Punkte]
  8. Auf welchem Chromosom liegt das Gen? Geben Sie dabei nur eine Zahl, X oder Y an. [0.5 Punkte]
  9. Mit welcher Krankheit wird das Gen in Verbindung gebracht? Nennen Sie einige Symptome der Erbkrankheit. [1 Punkt]
 10. Enthält die gegebene Sequenz Auffälligkeiten im Vergleich zur Sequenz aus der Datenbank? Wenn ja, welche? Wo liegen die Unterschiede in Bezug auf die mRNA (CDS, UTR)? Hätte die Mutation eine Auswirkung auf das Protein? [3 Punkte].
 11. In welchem Gewebe wird dieses Gen (laut EST-Analyse) am stärksten exprimiert? [2 Punkte]
 12. Vervollständigen sie folgendes Zitat "Babst M.; Katzmann D.J. Estepa-Sabal E.J, 2002" (ganzer Titel, Journal, alle Autoren, Seitenzahl) [1 Punkt].

Meine Antworten:

1. Es handelt sich um die folgende mRNA:

NCBI Reference Sequence: NM_001701.3

Homo sapiens bile acid Coenzyme A: amino acid N-acyltransferase (glycine N-choloyltransferase) (BAAT), transcript variant 1, mRNA

2. Das Gen ist die BAAT, das steht für den Englischen Namen bile acid Coenzyme A: amino acid N-acyltransferase (glycine N-choloyltransferase) In Deutsch würde das Gen heißen: Gallensäure-N-Acetyltransferase

3.Swiss-Prot: Q14032.1

4. ja es gibt orthologe in mus musculus:

reihung nach absteigender homologität(bit scores)

ref|NP_031545.2| bile acid-Coenzyme A: amino acid N-acyltrans gb|AAS75456.1| peroxisomal acyl-CoA thioesterase Ia gb|AAH64469.1| Acyl-CoA thioesterase 2 [Mus musculus]

5.Das Gen der Humanen BAAT (NM_001701.3) hat 4 Exons: exon1 1..151 bp exon2 152..676 bp exon3 677..879 bp exon4 880..3478 bp

6. mRNA länge: 3478 bp Die Coding sequence umfasst CDS 211..1467 bp

7. also sind die 3' und 5' UTRs die Restlichen bp auf der mRNA 5'UTR 1..210 bp 3'UTR 1468...3487 bp

8. locus: Chromosom 9 (q22.3);

9. Ein defekt dieses Gens löst die Erbkrankheit familial hypercholanemia (FHCA) aus. Symptome der Krankheit sind: Erhöhte Gallensäurekonzentration im Blutserum, Jucken, Fett-Malabsorbtion und von VitaminK abhängige Blutgerinnungsstörung.

10. Die gegebene Sequenz enthält drei Deletionen im 5' Bereich. Es kommt somit zu keinem Frameshift. Das zehnte Triplett TCG(Ser) ist komplett deletiert. Die CDS beginnt ohnehin erst bei basenpaar 211, das alignment mit der gegebenen Sequenz ist somit nicht in diesem Bereich. Die Mutation hat daher wenig bis keine Auswirkung auf das Translatierte Protein.

11. In der Leber: UGID:177264 UniGene Hs.284712 Homo sapiens (human) BAAT

EST Profile:liver 167 35 / 208422

12. Das vollständige Zitat lautet:

Journal: Dev Cell. Ausgabe: 2002 Aug;3(2): Seitenzahl :271-82.

Titel: Escrt-III: an endosome-associated heterooligomeric protein complex required for mvb sorting.

Authoren: Babst M, Katzmann DJ, Estepa-Sabal EJ, Meerloo T, Emr SD.

Abteilung und Universität:

Department of Cellular and Molecular Medicine and Howard Hughes Medical Institute, School of Medicine, University of California, San Diego, La Jolla 92093, USA.